L’Agence du NEPAD est l’agence de mise en œuvre de l’Union africaine qui défend le NEPAD, facilite et coordonne le développement des programmes et projets du NEPAD à l’échelle du continent, mobilise des ressources et engage la communauté mondiale, les communautés économiques régionales et les États membres dans la mise en œuvre de ces programmes et projets. L’Agence du NEPAD a remplacé le Secrétariat du NEPAD qui coordonnait la mise en œuvre des programmes et projets du NEPAD depuis 2001.
Le mandat de l’Agence du NEPAD consiste à faciliter et coordonner la mise en œuvre des programmes et projets prioritaires continentaux et régionaux ; à mobiliser les ressources et les partenaires pour soutenir la mise en œuvre des programmes et projets prioritaires de l’Afrique. À Conduire et coordonner la recherche et la gestion des connaissances. À suivre et évaluer la mise en œuvre des programmes ; à plaider en faveur de la vision, de la mission et des principes/valeurs fondamentaux de l’UA et du NEPAD.